A UAUM tem um responsável, nomeado pelo Reitor, uma secretaria e vários recursos e infraestruturas materiais, que suportam as atividades arqueológicas e os projetos de estudo e valorização do património, dando igualmente apoio à formação pós-graduada em Arqueologia da Universidade do Minho.
A UAUM congrega uma equipa de arqueólogos, especializados em diversas áreas, especialistas de informática, pessoal técnico-auxiliar e colaboradores de vários projetos de investigação. Os resultados da investigação são regularmente editados em publicações periódicas, servindo igualmente para produzir conteúdos que são disponibilizados na web ou em centros de interpretação.
A UAUM estrutura-se em diferentes áreas estratégicas: Arqueologia da Arquitetura, Arqueologia da Paisagem e do Povoamento; Arqueologia dos Materiais e Tecnologias; Arqueologia Urbana; Arqueologia e Novas Tecnologias de Informação; Valorização e divulgação do Património.